A fosfatase alcalina é usada no diagnóstico e no acompanhamento de distúrbios hepáticos e ósseos. Nos distúrbios hepáticos, ela reflete sofrimento das células dos ductos biliares. Nos distúrbios ósseos, indica aumento da atividade de formação óssea.
Outros exames permitem identificar a origem do aumento de fosfatase alcalina. Alterações de outras enzimas hepáticas, como aspartato aminotransferase (AST), alanina aminotransferase (ALT), gama-glutamil transpeptidase (gama-GT), ou de bilirrubinas sugerem doença hepática, e alterações das medidas de cálcio, fósforo e vitamina D indicam distúrbios ósseos.
Persistindo dúvidas, podem ser medidas as isoenzimas da fosfatase alcalina ou a fosfatase alcalina óssea.